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Benchmarking copy number aberrations inference tools using single-cell multi-omics datasets
预印本
2025
作者:
Song, Minfang
;
Ma, Shuai
;
Wang, Gong
;
Wang, Yukun
;
Yang, Zhenzhen
Adobe PDF(2429Kb)
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收藏
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浏览/下载:419/7
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提交时间:2024/10/14
single-cell RNA sequencing
copy number aberrations
copy number alteration
copy number variations
loss of heterozygosity
single cell multi-omics
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
期刊论文
HEPATOLOGY, 2024
作者:
Zhou, Kai-Qian
;
Zhong, Yu-Chen
;
Song, Min-Fang
;
Sun, Yun-Fan
;
Zhu, Wei
Adobe PDF(1718Kb)
|
收藏
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浏览/下载:64/2
|
提交时间:2025/02/12
hepatocellular carcinoma
immune microenvironment
portal vein tumor thrombus/thrombosis
single-cell omics
scICML: Information-Theoretic Co-Clustering-Based Multi-View Learning for the Integrative Analysis of Single-Cell Multi-Omics Data
期刊论文
IEEE/ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2024, 卷号: 21, 期号: 1, 页码: 200-207
作者:
Zeng, Pengcheng
;
Lin, Zhixiang
Adobe PDF(1032Kb)
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收藏
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浏览/下载:284/43
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提交时间:2024/03/08
Clustering
multi-view learning
single-cell multi-omics integration
Bioinformatics
Cytology
Data integration
Gene expression
Information analysis
Information theory
Pattern matching
'omics'
Clusterings
Genes expression
Genomics
Multi-view learning
Mutual informations
Optimisations
Pattern-matching
Single cells
Single-cell multi-omic integration
OTTM: an automated classification tool for translational drug discovery from omics data
期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2023
作者:
Yang, Xiaobo
;
Zhang, Bei
;
Wang, Siqi
;
Lu, Ye
;
Chen, Kaixian
Adobe PDF(1499Kb)
|
收藏
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浏览/下载:515/145
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提交时间:2023/08/28
OTTM
omics data
translational drug discovery
literature mining
hepatocellular carcinoma
Comprehensive Profiling of Rapamycin Interacting Proteins with Multiple Mass Spectrometry-Based Omics Techniques
期刊论文
ANALYTICAL CHEMISTRY, 2023, 卷号: 95, 期号: 22, 页码: 8605-8612
作者:
Xu, Yao
;
Zheng, Mengmeng
;
Gong, Li
;
Liu, Guizhen
;
Qian, Shanshan
Adobe PDF(3754Kb)
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收藏
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浏览/下载:387/0
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提交时间:2023/06/26
Cell death
Drug interactions
Mass spectrometry
Proteins
'omics'
Adverse side effects
Binding proteins
Chemoproteomics
Drug-protein interactions
Functional interaction
Mechanism of action
Multiple mass
Physical interactions
Rapamycin
Joint deep learning for batch effect removal and classification toward MALDI MS based metabolomics
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 1
作者:
Niu, Jingyang
;
Yang, Jing
;
Guo, Yuyu
;
Qian, Kun
;
Wang, Qian
Adobe PDF(2047Kb)
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收藏
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浏览/下载:678/203
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提交时间:2022/07/25
Deep learning
'omics'
Batch effect
Clinical application
Deep learning
Diagnostic accuracy
End to end
External factors
Learning frameworks
MALDI-MS
Metabolomics
Pathogenesis, therapeutic strategies and biomarker development based on "omics" analysis related to microglia in Alzheimer's disease
期刊论文
JOURNAL OF NEUROINFLAMMATION, 2022, 卷号: 19, 期号: 1
作者:
Gao, Chao
;
Shen, Xin
;
Tan, Yuyan
;
Chen, Shengdi
Adobe PDF(2554Kb)
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收藏
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浏览/下载:353/84
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提交时间:2022/09/13
Alzheimer's disease
Microglia
Omics
Pathogenesis
Therapeutic strategy
Biomarker
Deep latent space fusion for adaptive representation of heterogeneous multi-omics data
期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 2, 页码: 1–15
作者:
Chengming Zhang
;
Yabin Chen
;
Tao Zeng
;
Chuanchao Zhang
;
Luonan Chen
Adobe PDF(2289Kb)
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浏览/下载:316/1
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提交时间:2022/09/16
deep learning
latent space fusion
adaptive representation
omics data
complex disease
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