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A distribution-guided Mapper algorithm
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2025, 卷号: 26, 期号: 1
作者:
Tao YY(陶宇洋)
;
Ge SF(葛淑菲)
Adobe PDF(2884Kb)
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浏览/下载:52/7
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提交时间:2025/03/17
Extended persistence
Fixed intervals
Length ratio
Mapper
Mixture modeling
Probability modelling
Reeb graph
Topological data analysis
Topological features
Topology data analyze
TreeQNet: a webserver for Treatment evaluation with Quantified Network
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 1
作者:
Li, Zhenlei
;
Huang, Ya
;
Li, Qingrun
;
Sun, Yidi
;
Li, Chen
Adobe PDF(1523Kb)
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浏览/下载:718/205
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提交时间:2022/11/25
Diseases
Drug therapy
Forestry
HTTP
Cancer patients
Drug susceptibility
Drug susceptibility prediction
Kinase-phospho substrate network
Personalized therapies
Phosphoproteomics
Proteomics
Quantified network
Substrate networks
Web servers
Joint deep learning for batch effect removal and classification toward MALDI MS based metabolomics
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 1
作者:
Niu, Jingyang
;
Yang, Jing
;
Guo, Yuyu
;
Qian, Kun
;
Wang, Qian
Adobe PDF(2047Kb)
|
收藏
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浏览/下载:662/197
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提交时间:2022/07/25
Deep learning
'omics'
Batch effect
Clinical application
Deep learning
Diagnostic accuracy
End to end
External factors
Learning frameworks
MALDI-MS
Metabolomics
Joint analysis of scATAC-seq datasets using epiConv
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 1
作者:
Lin, Li
;
Zhang, Liye
Adobe PDF(3676Kb)
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浏览/下载:747/215
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提交时间:2022/08/12
Cell culture
Batch effect
Cell proliferation
Biological signals
Chromosomes
Cell clustering
Depth profiling
High-throughput
Joint analysis
Multiple data sets
Multiple source
ScATAC-seq
Single cells
Technical improvement
AdmixSim 2: a forward-time simulator for modeling complex population admixture
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 1
作者:
Zhang, Rui
;
Liu, Chang
;
Yuan, Kai
;
Ni, Xumin
;
Pan, Yuwen
Adobe PDF(1668Kb)
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浏览/下载:596/138
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提交时间:2021/10/29
Population admixture
Forward-time simulation
Admixture models
Multiple-wave admixture
Evolutionary forces
Velo-Predictor: an ensemble learning pipeline for RNA velocity prediction
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: SUPPL 10
作者:
Wang, Xin
;
Zheng, Jie
Adobe PDF(2851Kb)
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浏览/下载:499/112
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提交时间:2021/09/30
RNA velocity
Single cell
Ensemble learning
Landscape
PIKE-R2P: Protein-protein interaction network-based knowledge embedding with graph neural network for single-cell RNA to protein prediction
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: SUPPL 6
作者:
Dai, Xinnan
;
Xu, Fan
;
Wang, Shike
;
Mundra, Piyushkumar A.
;
Zheng, Jie
Adobe PDF(3880Kb)
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浏览/下载:467/138
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提交时间:2021/06/18
Single-cell
Protein prediction
Graph neural network
Knowledge embedding
Cells
Cytology
Embeddings
Forecasting
Machine learning
Proteins
RNA
Graph neural networks
Machine learning methods
Machine learning models
Prediction performance
Protein interaction
Protein interaction networks
Simultaneous measurement
Y-LineageTracker: a high-throughput analysis framework for Y-chromosomal next-generation sequencing data
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 1
作者:
Chen, Hao
;
Lu, Yan
;
Lu, Dongsheng
;
Xu, Shuhua
Adobe PDF(1596Kb)
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浏览/下载:642/140
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提交时间:2021/04/19
Y-chromosome DNA
NGS
NRY haplogroup
Y-STR
Population genetics
Single-cell gene expression analysis reveals -cell dysfunction and deficit mechanisms in type 2 diabetes
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2018, 卷号: 19
作者:
Ma, Lichun
;
Zheng, Jie
Adobe PDF(2120Kb)
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浏览/下载:675/1
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提交时间:2019/01/18
Single-cell
Hyperglycaemia
Type 2 diabetes
-cell dysfunction
-cell deficit
Insulin expression
Apoptosis
Oxidative stress
Identifying module biomarker in type 2 diabetes mellitus by discriminative area of functional activity
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2015, 卷号: 16, 期号: 1
作者:
Zhang, Xindong
;
Gao, Lin
;
Liu, Zhi-Ping
;
Chen, Luonan
Adobe PDF(1470Kb)
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浏览/下载:1064/263
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提交时间:2017/07/04
Computational biology
Gene expression profiling
Network biomarker
Type 2 diabetes mellitus
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