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在高强度X射线辐照下，X射线自由电子激光（X-ray Free-electron Laser，XFEL）装置的光学元件薄膜产生的大量辐照缺陷会导致材料结构损伤，引起宏观性能退化，从而影响其服役寿命，进而影响到XFEL装置的可靠性和稳定性。为了研究材料辐照缺陷过程以及方便耐辐照材料的数据积累，提供了一种基于Python语言的自动化辐照模拟程序AISL（Automatic Irradiation Simulation based on LAMMPS），以支持采用分子动力学方法模拟XFEL对材料的辐照损伤进行微观研究。AISL实现了模拟任务的自动化工作流管道，包括高通量计算任务 的管理和执行，计算数据的高可靠存储和热力学信息的后处理。基于AISL在XFEL光学元件金属薄膜辐照损伤模拟的应用实例研究，表明了AISL是一种便捷开展高通量自动化的辐照模拟研究的有效方法，能够显著提高基于LAMMPS的材料辐照损伤模拟计算效率。