Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes
2020-09
发表期刊NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS
ISSN2631-9268
发表状态已发表
DOI10.1093/nargab/lqaa059
摘要

Normalization with respect to sequencing depth is a crucial step in single-cell RNA sequencing
preprocessing. Most methods normalize data using the whole transcriptome based on the
assumption that the majority of transcriptome remains constant and are unable to detect drastic
changes of the transcriptome. Here, we develop an algorithm based on a small fraction of
constantly expressed genes as internal spike-ins to normalize single cell RNA sequencing data. We
demonstrate that the transcriptome of single cells may undergo drastic changes in several case
study datasets and accounting for such heterogeneity by ISnorm improves the performance of
downstream analyzes.

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文献类型期刊论文
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专题生命科学与技术学院_硕士生
生命科学与技术学院_PI研究组_张力烨组
生命科学与技术学院_PI研究组_孙建龙组
生命科学与技术学院_博士生
共同第一作者Song, Minfang
通讯作者Lin, Li; Zhang,Liye
作者单位
ShanghaiTech University
第一作者单位上海科技大学
通讯作者单位上海科技大学
第一作者的第一单位上海科技大学
推荐引用方式
GB/T 7714
Lin, Li,Song, Minfang,Jiang,Yong,et al. Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes[J]. NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS,2020.
APA Lin, Li,Song, Minfang,Jiang,Yong,Zhao,Xiaojing,&Zhang,Liye.(2020).Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes.NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS.
MLA Lin, Li,et al."Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes".NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS (2020).
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